Il ritrovamento di graffiti nella grotta di Tommasone, nella valle di San Giovanni, confermerebbe la presenza dell’uomo nel Paleolitico Superiore.
La presenza di un insediamento in epoca romana è dimostrata dalle fonti, cui spesso vi fanno riferimento in merito ad una strada che collegava l’antica Teanum Apulum (San Paolo di Civitate) agli abitati di Civitella (San Nicandro Garganico), Avicenna (Carpino), Monte Civita (Ischitella) e Fara, nell’area di San Nicola Imbuti (Cagnano). Gli storici ipotizzano che tale via avesse una importante funzione politico-commerciale per l’area del Gargano Settentrionale, oltre a quella di collegamento tra i vari municipia della zona.
Soprattutto nell’area a confine con il territorio di Carpino sono stati rinvenuti tombe e reperti paleocristiani. È possibile, inoltre, che l’attuale monastero di San Nicola sia sorto proprio sulle rovine di un’antica villa romana.

MEDIOEVO

Alto Medioevo

La leggenda collegherebbe l’origine di Cagnano alle sorti dell’antica città di Yria, cui fanno spesso riferimento Plinio e Strabone nel descrivere l’area dove oggi si trova il Lago di Varano, la cui sponda meridionale costituiva l’antica costa di un golfo. Le fonti, invece, si limitano a documentare che, a partire dal V secolo le invasioni barbariche determinarono uno spopolamento dei centri abitati costieri del Gargano per ragioni sicurezza. Tale spopolamento determinò la nascita di piccole comunità, i Casali, in luoghi più sicuri dell’entroterra, come quello in cui adesso si trova l’abitato di Cagnano.

I Bizantini, che dominarono a lungo tempo l’area, contribuirono a ravvivare i luoghi abbandonati ed i neonati casali, favorendo l’immigrazione dai Balcani e la ripresa economica dell’area.
Dopo i Bizantini, l’area fu soggetta al dominio dei Longobardi. Le istituzioni familiari, politicamente e militarmente organizzate, stanziatesi nel territorio, finirono col rappresentare le prime tenute agricole, aventi, tra l’altro, la funzione di controllo del traffico nell’area del Lago di Lesina e del Lago di Varano, importantissimi visto la diffusione della pesca in acque lacustri in alto medioevo.
L’abitato si sviluppò, nella posizione attuale, in epoca normanna, quando vennero realizzati l’attuale Palazzo Baronale, allora fortezza, ed una cinta muraria di cui oggi restano poche tracce. Il documento più antico su Cagnano è un Diploma dei principi longobardi Landolfo I e Landolfo IV risalente al 969 d.C. in cui si assegnava il feudo di Cagnano al Santuario di San Michele di Monte Sant’Angelo.

Basso Medioevo

Nel 1095 il feudo passò al conte Enrico, divenendo suffeudo del monastero di San Giovanni de Lama (oggi di San Matteo). Nel 1177 divenne terra della regina Giovanna, moglie di re Guglielmo e figlia di Enrico II d’Inghilterra, di stirpe normanna.
Altri documenti, tra cui la Chartula offertionis del 1058, una sentenza del 1173 ed una fonte relativa ai privilegi del re Guglielmo II (1176) e di Innocenzo III (1208), ben descrivono il tenimento di Cagnano. I suoi confini si estendevano dal porto di Sant’Andrea (Capojale) all’area circostante il lago, fino all’attuale territorio di Ischitella.
Durante la dominazione sveva e angioina il feudo di Cagnano rimase dipendente da Monte Sant’Angelo, mentre dal 1326 al 1492 il feudo appartenne alla famiglia Della Marra.

Rinascimento

Nel 1492 Cagnano e Carpino passarono alla famiglia Di Sangro, ma nel 1497 il re Ferdinando II di Napoli le concesse a Troiano Mormille.
Nel 1526 il Sacro Regio Consiglio ordinò la vendita, per 38.000 ducati, del feudo di Cagnano e Carpino per soddisfare i creditori del feudatario Fabrizio Mormille ed il feudo fu acquistato da Antonio Loffredo, passò ai Nava nel 1596 e successivamente alla famiglia Vargas.
Nel 1628 il feudo venne venduto alla suocera di Alfonso de Vargas (Giulia d’Aiello) per 10.000 ducati, a cui seguirono i Vargas-Cussavaglio nel 1732 e poi i Brancaccio-Vargas, ultimi signori feudali.

Età contemporanea

Nel 1806, con la cancellazione dei privilegi feudali da parte di Giuseppe Bonaparte, terminò il dominio feudale della famiglia Brancaccio-Vargas.
Con l’unificazione d’Italia, Cagnano divenne comune. Iniziò un periodo complesso per la cittadina, segnato da forti tensioni sociali legate ai repentini cambiamenti ed agli squilibri economici e sociali post-unitari, che sfociò in una violenta rivolta durante la quale persero la vita tre persone e furono registrati diversi feriti.

Novecento

Nel primo decennio del XX secolo l’area di San Nicola divenne demaniale e venne usata per contrastare gli attacchi aerei provenienti dalla marina austriaca, posizionata a Cattaro.
Durante la seconda guerra mondiale, il vicino lago di Varano venne trasformato in base d’appoggio per sommergibili e idrovolanti, utilizzati per le operazioni belliche nell’Adriatico. Cessato il conflitto, parte dei terreni passò a privati, talvolta usurpatori. Della zona militare, oggi, non restano che delle rovine inaccessibili.

Nel 1941 Cagnano fu oggetto di una violenta rivolta, condotta soprattutto dalle donne cagnanesi, spinte dalla miseria, dalla povertà a ribellarsi contro il podestà. Si recarono davanti l’allora municipio e tentarono di scacciare il podestà ed in seguito organizzarono un lungo corteo per le vie del paese.