Fino alla prima dell’800, Il nome del paese è stato Matinata, il quale deriva dalla tribù daunia dei Matinates ex Gargani, ovvero, gli “abitanti di Matino provenienti dal Gargano”, come tramandato da Plinio il Vecchio nel Naturalis Historia.

Successivamente Claudio Tolomeo  nel suo Theatrum geographicum ci tramanda il nome Apeneste il cui significato in greco è “che nasce” o “che sorge“, con chiaro riferimento alla posizione nel quale si trovava il villaggio (ovvero ad est dove nasce il sole). Sorse in zona Agnuli come piccolo emporio per il commercio fra le popolazioni daunie (di origine illirica, precisamente gli Japigi, che abitavano l’intero Gargano sin dalla fine del II millennio), che vivevano Monte Saraceno, e i navigatori greci. Il villaggio ebbe da sempre una vocazione agricola.

In seguito alla colonizzazione romana dell’Apulia dopo la vittoria su Pirro nel 275 a.C., il villaggio di Apeneste prese il nome di Matinum, derivante dalla dea del mattino Mater Matuta, della quale si possono ammirare dei ritrovamenti di una villa romana, augustea, dai caratteristici muri in opus raeticulatum, in contrada Agnuli  nei pressi del porto turistico di Mattinata. In seguito alle incursioni saracene il villaggio di Matinum venne distrutto e in seguito abbandonato definitivamente. L’attuale centro cittadino sorge sulle colline antistanti la baia, il quale iniziò a svilupparsi grazie ad alcuni montanari che per il clima mite, “scesero a valle” (a flussi regolari) a partire dal XVI secolo. Per quindici secoli il territorio di Mattinata è sempre stato un piccolo feudo dell’Honor di Monte Sant’Angelo. I ricchi possidenti di Monte e Manfredonia vi trascorrevano le vacanze come gli antichi romani. Soltanto negli anni 50 del 1900 Mattinata da frazione è diventata un piccolo comune indipendente.