La città di San Giovanni Rotondo fu fondata nel 1095 sulle rovine di un preesistente villaggio del IV secolo a.C.; di questo borgo restano dei segni visibili, come alcune tombe ed un battistero circolare (l’epiteto “Rotondo” deriva proprio da questo) che, secondo la tradizione, anticamente era destinato al culto del dio Giano, dio bifronte, e in seguito fu consacrato a San Giovanni Battista. Durante il Basso Medioevo ha sempre avuto un ruolo importante nell’organizzazione economica del Meridione; sotto il Regno delle Due Sicilie ad esempio, era sede in cui venivani stabiliti i prezzi della mercanzia commercializzata nel regno.

Il 14 ottobre 1920 San Giovanni Rotondo fu teatro di un grave fatto di sangue. Era il giorno dell’insediamento in municipio dei socialisti che avevano vinto (1069 voti contro 850) contro una coalizione popolare clerico-fascista, denominata Arditi di Cristo, per paura di sommosse confluirono in paese 40 carabinieri e 82 soldati. La forte tensione nacque a causa della volontà di esporre la bandiera rossa dal balcone del municipio cui si contrapposero fascisti e popolari. Un corteo popolare percorse le vie di San Giovanni Rotondo per accompagnare gli amministratori socialisti che si insediavano nel comune. Ma davanti alle porte del municipio il corteo fu fermato dai carabinieri. Il commissario Pevere che ridigeva il servizio d’ordine si opponeva che i socialisti, nel prendere possesso del municipio, esponessero la bandiera rossa dal balcone dell’edificio, perché diceva, sarebbe stata un’offesa alla patria e alla bandiera nazionale. Gli “arditi” erano decisi anch’essi a impedire l’esposizione della bandiera rossa. Da essi partirono oltraggi e insulti ai dimostranti. Cominciarono così i tafferugli: simultaneamente dal balcone del municipio, dopo l’uccisione del carabiniere Vito Imbriani i carabinieri aprirono il fuoco sulla folla. Si parlò anche del lancio di una bomba che però venne attribuito non alla forza pubblica ma agli “arditi”.Il bilancio finale fu di 14 morti e 85 feriti.
La città vive alterne vicende, fino a quando nel 1916 vi giunge l’allora giovanissimo Padre Pio. Egli dedicò la sua vita al servizio della Chiesa, promuovendo la nascita dei Gruppi di Preghiera e la realizzazione di opere caritative, primo fra tutti l’Ospedale “Casa Sollievo della Sofferenza“, definito “tempio di preghiera e di scienza” dallo stesso Padre Pio. Inaugurato il 5 Maggio 1956, l’Ospedale è da un decennio riconosciuto come “Istituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico”.