Abitate già in antichità (IV-III secolo a.C.), le isole per secoli furono soprattutto un luogo di confino. In epoca romana le isole erano note con nome Trimerus che deriverebbe dal greco trimeros, τρίμερος ossia “tre posti” o “tre isole“. L’imperatore Augusto vi relegò la nipote Giulia che vi morì dopo vent’anni di soggiorno forzato. Nel 780 Carlo Magno vi esiliò Paolo Diacono che, però, riuscì a fuggire.
La storia dell’arcipelago non è però solo legata agli esiliati, più o meno illustri, che qui furono confinati, ma soprattutto alle vicende storiche, politiche ed economiche dell’Abbazia di Santa Maria a Mare (definita da Émile Bertaux la Montecassino in mezzo al mare).
Nel 1843 re Ferdinando II delle Due Sicilie con l’intento di ripopolare le isole vi fece insediare molti pescatori provenienti da Ischia che poterono così sfruttare proficuamente la pescosità di quell’area marittima e da famiglie del regno dando luogo così a una seconda colonizzazione delle Tremiti.
Nel 1911 furono confinati alle Tremiti circa milletrecento libici che si opponevano all’occupazione coloniale italiana. A distanza di un anno circa, un terzo di questi erano morti di tifo esantematico. In epoca fascista l’arcipelago continuò a essere luogo di confino, ospitando tra l’altro anche il futuro Presidente della Repubblica, Sandro Pertini e Amerigo Dumini.
L’autonomia comunale risale al 1932.
Nel 1987 Mu’ammar Gheddafi, in virtù delle deportazioni di cittadini libici effettuate soprattutto dal governo Giolitti a partire dal 1911, dichiarò che l’arcipelago era parte della Libia. Tali pretese territoriali seguivano la tensione diplomatica che sussisteva con l’Italia.
Nella notte fra il 7 e l’8 novembre 1987 due cittadini svizzeri, Jean Nater e Samuel Wampfler, misero una bomba sul faro di San Domino. Il primo rimase ucciso nell’attentato, il secondo fu catturato e condannato. Sulle prime si pensò ad un attentato libico, ma successive indagini chiarirono che i due attentatori, agenti segreti prezzolati, collaboravano con i servizi francesi, nazione con la quale l’Italia aveva all’epoca una controversia diplomatica.
Il 28 ottobre 2008 una trentina di abitanti delle isole si sottoposero, volontariamente, all’esame del DNA allo scopo di stabilire se nel loro sangue vi fosse traccia di quei deportati libici del 1911. Il risultato fu negativo.

La superficie totale dell’arcipelago che corrisponde alla superficie del Comune Isole Tremiti è di 3,1780 km².
L’arcipelago è composto dalle isole di:

• San Nicola, sede comunale, dove si trovano i principali monumenti dell’arcipelago. La superficie è di 45,6826 ettari.
• San Domino, la più grande e la più abitata, sulla quale sono insediate le principali strutture turistiche grazie alla presenza dell’unica spiaggia sabbiosa dell’arcipelago (Cala delle Arene). La superficie è 2,0745 km².
• Capraia (detta anche Caprara o Capperaia), la seconda per grandezza, disabitata. La superficie è 48,6970 ettari
• Pianosa, un pianoro roccioso anch’esso completamente disabitato e distante una ventina di chilometri dalle altre isole. La superficie è 12,4902 ettari.

L’ISOLA DI SAN NICOLA

L’isola si presenta stretta e lunga ed è costituita da un altopiano roccioso con coste verticali a picco sul mare, con tratti di falesia che raggiungono i 60 metri d’altezza. Da un punto di vista paesaggistico-naturalistico, a destra del moletto, è possibile ammirare la Grotta di San Michele, il cui fronte sembra raffigurare un teschio. La grotta è molto famosa anche per il colore delle acque al suo fianco: azzurro-turchesi fosforescenti.
Più in là ci sono gli Scogli Segati, un enorme masso dirupato dall’ isola e spaccatosi nella caduta perfettamente in due, come segato da mani esperte.

PREISTORIA

Su questa isola si conservano tracce di un insediamento protostorico del I millennio a.C. Nella parte alta dell’isola sono riscontrabili fori di palificazione di possibili capanne dell’Età del ferro (IX – VII secolo a.C.). I fori sono interrotti da fosse sepolcrali (ne sono state scoperte 18) e da due tombe a grotticella (possibile datazione ad età classica ed ellenistica), tra cui quella comunemente detta la tomba di Diomede.
Ad est della sopracitata necropoli sono state riscontrate le tracce di un insediamento ellenistico. Come in precedenza i fori di palificazione, anche la tombe vengono interrotti da una costruzione più recente. Infatti vi è una cisterna (detta vasca di San Nicola), scavata nella roccia viva e rivestita in opus incertum, collocabile tra il I secolo a.C. e il II secolo d.C. Sempre con tecnica ad opus incertum è stata edificata una domus romana.

L’ISOLA DI SAN DOMINO

San Domino è l’isola dell’arcipelago che rileva le tracce di presenza umana più antiche. In contrada Prato Don Michele sono stati infatti trovati i resti di un villaggio del Neolitico (VII millennio a.C.), caratterizzato da ceramiche impresse, incise e levigate.
L’isola porta il nome del vescovo e martire San Domino, al quale era consacrata, insieme all’apostolo San Iacopo, una chiesetta in loco. Siccome i primi documenti relativi alla “prepositura” di San Iacopo in Tremiti sono databili al IX secolo si ritiene che il primo insediamento monacale dei Benedettini sia stato su quest’isola, proprio in questo periodo, e in un secondo tempo, successivo all'”anno Mille“, sia iniziata la costruzione del monastero nella vicina isola di San Nicola. Anche in seguito al trasferimento nella vicina isola della comunità monastica, San Domino rimane nel patrimonio di questa, la grande cisterna, detta appunto “Cisterna dei Benedettini” e insieme alla cala, anch’essa dei Benedettini, sono la prova palese della presenza nell’isola dell’Ordine Cassinese. Alla fine del quattrocento l’isola fu lasciata dai Cistercensi, succeduti alla guida del monastero sull’isola di San Nicola ai Benedettini. In questo periodo sul colle più alto dell’isola dimorò un tale Pietro Colono, e per questo motivo il colle fu ridenominato “colle dell’eremita“. Pietro Colono sarà accolto in seguito come oblato nella piccola comunità di Canonici Lateranensi guidata da Leone da Cararra, che in seguito a pressioni e lettere apostoliche si trasferirono nel 1412 sull’isola di San Nicola per ordine di Gregorio XII per far rinascere l’antico centro religioso in abbandono in seguito alla strage compiuta dal Corsaro Dalmata Almogavaro che aveva messo fine alla presenza cistercense nell’arcipelago. La comunità lateranense si prese cura dell’isola considerandola oasi di pace e di riposo per l’animo. L’isola era lodata per la salubrietà dell’aria e l’abbondanza di vegetazione, uliveti e vigne ammantavano l’isola, ma non per questo mancavano altre specie, soprattutto di albero da frutto. Nel 1870 il monastero fu soppresso, e l’isola con le sue colture arboree e le sue vigne, venne nuovamente abbandonata. Nei primi decenni del Regno d’Italia fu ricostituita una colonia penale sull’arcipelago (le isole Tremiti ne furono sede già ai tempi del Regno di Napoli) e i direttori di essa si adoperarono nella salvaguardia di queste colture, impiegando nei lavori agricoli i domiciliati coatti, ottenendo scarsissimi risultati. Durante gli ultimi anni del regime fascista divenne una colonia penale per persone omosessuali.

L’ISOLA DI CAPRAIA

Il nome di Capraia la dice lunga su una certa presenza animale, quella della Capra Selvatica, che un tempo regnava sovrana su quest’isola. I primi ad accorgersene furono i Greci, nel 1000 a.C.. Furono loro che la battezzarono “Aegylon” (Terre delle Capre) e da allora quel nome le rimase, tradotto ogni volta dai nuovi arrivati. I Romani la chiamarono “Capraia“, nel Medioevo divenne “Caprara” e alla fine divenne Capraia. I monaci Benedettini furono i primi a popolare le Isole Tremiti (era il 1045), scegliendola come uno dei tanti luoghi in cui ritirarsi a pregare e lavorare.