Le prime notizie documentate del paese risalgono al 1029, tuttavia è datata 1158 la sua annessione all’Abbazia di Montesacro, evento che di fatto sancisce l’esistenza di Rignano Garganico. La cittadina ha tuttavia origini ben più antiche, che risalgono fino alla preistoria, come testimoniano i reperti rinvenuti negli insediamenti archeologici che sorgono nei suoi dintorni (Grotta Paglicci, Grotta Spagnoli e i dolmen di Lamasecca e della Piana della Madonna di Cristo). Nella vicina Grotta Paglicci sono state ritrovate alcune pitture parietali che hanno consentito agli studiosi di risalire all’esatta collocazione storica dei reperti, e cioè al Paleolitico Superiore. Numerosi i ritrovamenti, nella stessa grotta, risalenti al Paleolitico Medio ed Inferiore. Nelle vicinanze di Paglicci è stato anche rinvenuto un dolmen, un esemplare di struttura megalitica, la prima, di tale genere, che sia mai apparsa in Capitanata.

Il toponimo deriva da un nome personale latino: Herennius, che indicava una persona beneficiaria di un predio, si trattava spesso di veterani che lo ricevevano dall’imperatore, per cui il luogo veniva chiamato Herinnianu(m). L’origine del toponimo ci da un’idea anche di come possa essere sorto il primitivo villaggio: su di una fattoria romana.