La storia della cittadina si intreccia con quella del monastero di San Matteo Apostolo, il cui edificio a prima vista può essere scambiato per un’antica fortezza, ma in realtà è un luogo di culto e di ospitalità risalente al IX-X secolo. Nel Medioevo l’imponente struttura garantiva protezione agli abitanti del luogo, per la sua posizione inespugnabile, arroccata su un colle. Dal XVII secolo ad oggi è un convento di frati francescani. Il centro storico è denominato Padula, ovvero palude (in lamis in latino equivale proprio a “nelle paludi“), a testimonianza del fatto che un tempo (prima della sua completa bonifica) la zona era paludosa. Esso è di tipo medievale, con case basse a schiera prevalentemente bianche, con strade strette e vicoli ciechi.
E a proposito di briganti, è necessario ricordare che il territorio di San Marco in Lamis è stato fortemente interessato dal fenomeno del brigantaggio post-unitario. Infatti, sono oltre 50 i briganti sammarchesi fucilati o morti negli scontri dopo il 1861.